- 
                        כניסת שפכיםהשפכים מגיעים למכון הטיהור בצינור ראשי בקוטר 2 מטר. מערכת איסוף השפכים כוללת כ- 100 ק"מ של צנרת מאספים ראשיים ו-46 תחנות שאיבה המפוזרות במתחם האיגוד . 
- 
                        תחנת שאיבה ראשיתתחנת השאיבה כוללת 3 משאבות בורג בעלות ספיקה של 5,500 מק"ש כל אחת. תחנת השאיבה מעלה את השפכים מצינור הכניסה שנמצא בעומק 8 מטר למתקני הטיפול במכון הטיהור. 
- 
                        מגובים מכנייםהשפכים העירוניים מכילים גופים גדולים שיש להרחיקם לפני המשך הטיפול. סילוקם נעשה בעזרת מגובים מכניים המורכבים ממוטות ברזל מקבילים במפתחים משתנים. 
- 
                        אגני שיקוע חול וגרוסתהשפכים מכילים חומרים אינרטיים כבדים יחסית כמו חול ואבנים. חומרים אלה מכונים גרוסת ומוצאים מהשפכים באמצעות אגני שיקוע ייעודיים . 
- 
                        אגני קדם איוורורבאגני האוורור מחדירים אוויר לשפכים בכדי לשפר את תכונות השיקוע של השפכים . 
- 
                        אגני שיקוע ראשונילאחר תהליכי הקדם השפכים מוזרמים לאגני שיקוע ראשוני. השפכים שוהים באגני השיקוע מספר שעות שבמהלכן שוקעים חלק מן המוצקים המרחפים ומסולקת צופת שומנית. המוצקים השוקעים נאספים והם מהווים חלק מן הבוצה שמטופלת בנפרד מן הנוזל. 
- 
                        אגני איוורורהטיפול הביולוגי מתבצע באגני אוורור בהם מסופק אוויר הדרוש לחיידקים, כדי לספק להם את החמצן שבעזרתו הם מטהרים את השפכים. התהליך מבוסס על ריכוז גבוה מאוד של חיידקים המפרקים את החומר האורגני שבשפכים והופכים אותו לביומסה חדשה, פחמן דו חמצני ומים. 
- 
                        אגני שיקוע שניוניהשפכים היוצאים מאגני האוורור זורמים לאגני שיקוע שניוני. באגנים אלה שוקעים חלקיקים מרחפים המכילים בעיקר חיידקים הפעילים בפירוק השפכים. הקולחים המופקים מאגני השיקוע מועברים לחברת מקורות . 
- 
                        מי קולחיןהקולחים המופקים מתהליך השיקוע השניוני מוזרמים למאגר תפעולי של חברת מקורות הצמוד למכון הטיהור. הקולחים עוברים חיטוי בעזרת כלור ומוזרמים בצנרת לעמק יזרעאל, שם הם נאגרים במאגרי תשלובת הקישון ומשמשים להשקיית שדות חקלאיים בעמק יזרעאל . 
- שלב 1כניסת שפכים
- שלב 2תחנת שאיבה ראשית
- שלב 3מגובים מכניים
- שלב 4אגני שיקוע חול וגרוסת
- שלב 5אגני קדם איוורור
- שלב 6אגני שיקוע ראשוני
- שלב 7אגני איוורור
- שלב 8אגני שיקוע שניוני
- שלב 9מי קולחין
